「給与」は非課税科目ですが、旅費は消費税を含んだ金額ですし、非課税通勤費は課税処理しています。
このあたり詳しくわかるサイトを教えて下さい。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/6459.htm
●出張旅費、宿泊費、日当、通勤手当などの取扱い
長期出張にともない発生する旅行費、宿泊費。日当は通常認められるという範囲内であれば課税処理します。
http://www.tax01.com/modules/tinyd0/index.php?id=10
スーパー節税塾! - 出張による日当の支給
こちらの注意点2が該当するのではないでしょうか?
この場合、帰省費用ですので、「通常必要であると認められ」ないのではないかと思うのです。そのあたりがわかるサイトを教えて下さい。