「http://www.google.com/webhp?hl=ja」と「http://www.google.co.jp/」は同じものなのでしょうか？　両方のサイトが存在する理由と、どちらかを利用するメリットやデメリットがあればお願いします。

質問とずれますが、googleなら次の所が便利です。

まだベータ版ですが、入力の途中で候補と該当件数をあげてくれます。

http://www.google.co.jp/webhp?complete=1&hl=ja

同じようなものですが、厳密には別のものです。国によってさまざまなドメインが割り振られており、二つサイトの違いは窓口の違いです(国によらないドメインもありますが)。以下を見るとさまざまなドメインのgoogleがあることがわかります。

http://www.google.co.jp/language_tools?hl=ja

何故そのような事をするのか、ですが各国にあわせた検索結果を出すため、アクセスの分散をするためだと思われます。

またメリットは、前者はアメリカ窓口で表示設定が日本語で検索をしており、後者は日本窓口で表示設定が日本語で検索をしているので後者の方が日本語(表示設定)で検索する場合多くの検索結果が出ます。

逆に表示設定が英語なら前者の方が多くの検索結果が出ます。

実際の運用がどうなっているかは不明ですが、例えばホスティングサービスを利用していて、http://www.google.co.jp/は、実体としてはhttp://www.google.com/webhp?hl=jaなんだけど、日本用に専用ドメインのhttp://www.google.co.jp/を用意して、そちらからアクセスしてもらう方が、ドメインとして分かり易く利便性がいいなどの理由が考えられます。