ピアノ1トラック、単音の曲があるとします。

色々なやり方や考え方があるので、ざっくりと説明させて頂きます。

不協和音になるというのは、その曲の調やメロディーのその部分の和音にそぐわない物が使われる言う意味と理解しました。そういった目的のためにメロディーのハモりを付けるならば、メロディーにコードを付けてそこからハモりのメロディーをつくことによって実現出来ると思います。そういったものを自動でさせる物はオートアレンジャーなどと言われる物で、それはMIDIシーケンスソフトやハードウエアのMIDI器機として存在しています。

私はそういった物を使わないのでどれがよいのかをお奨め出来ないのでこの回答は不充分なのですが、Googleでオートアレンジャーを検索したところヤマハの付きのソフトウエアにそれが実装されていることがわかりました。メロディーをこれに流し込んで、コードを付けさせてそこからハモりのメロディーをつくるということで、実現出来ないでしょうか？

http://www.yamaha.co.jp/product/syndtm/p/soft/xgwv4w/feat.html