某エロゲーで「ファンタジーの世界が、実は地球に住めなくなった人類が移住先として作った星だった」という設定がありました。

http://www.sutepri.com/

まずは「スクラップド・プリンセス」ですか。

マンガの「BASTARD!! -暗黒の破壊神-」がそうだったと思います。

この手の作品のはしりは、ロバート・Ａ・ハインラインの「宇宙の孤児」ですかね。厳密にはファンタジーではないですが、突然変異した化け物とか出てきますし。

http://d.hatena.ne.jp/asin/425790545X

竹本泉さんの「ねこめ～わく」です。この人には他にも「さよりなパラレル」（竹書房）など、そおいった作品が多く有ります。ただし、エロの要素は少ない。ほんわかムードの作品ばかりです。ＳＦっぽいと言うより、もろにＳＦの設定です。メルヘン仕立てだというだけです。

ロボットモノ＋中世ファンタジー風で実はSFな機甲界ガリアン

http://www.showtime.jp/animation/b-ch/galient/

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%A9%9F%E7%94%B2%E7%95%8C%E3%82%A...

http://circus.nandemo.gr.jp/sakuhin/dcpc/index.htm

D.C.P.C.の紫　和泉子のシナリオなんかはちょっとしたSFっぽいです。

http://lass.jp/product/3days/index.html

3days　-満ちてゆく刻の彼方で-はSFっぽいですが、少しグロが入ってます。

ただ、ファンタジーっぽくないかもしれませんが･･･。

ヴィレッジ [DVD]

• 出版社/メーカー: ポニーキャニオン
• 発売日: 2006-07-19
• メディア: DVD

これなどは。

http://www.amazon.co.jp/%E7%AB%9C%E3%81%AE%E6%88%A6%E5%A3%AB-%E3...

定番というか、アン・マキャフリイ『パーンの竜騎士』（小説）

竜と人の物語。主人公の女性が、なかなか苛烈ないい性格をしています。

社会も技術も中世のそれというファンタジー作品ですが、地球人類による殖民惑星の一つだったことが冒頭で述べられます。

収録がハヤカワSFだけあって「異世界の現実」を堪能できます。

http://www.amazon.co.jp/%E9%A1%8D%E3%81%AE%E5%AE%9D%E7%9F%B3-%E3...

マイケル・ムアコック『ルーンの杖秘録』（小説）

ヒロイック・ファンタジー。遥か未来の地球が舞台ということで、ほとんど魔術や邪法の域の科学が登場します。

川原正敏『海皇記』（マンガ）も同様ですね。

この手の未来地球ものは多いかもしれません。

http://www.amazon.co.jp/%E7%B4%AB%E3%81%AE%E7%A0%82%E6%BC%A0-%E6...

松村栄子『紫の砂漠』（小説）

紫の砂漠に焦がれ、「真実の恋」を知る物語。

毛色は違いますが、これも裏ではSFな世界が動いています。

プリンセス・ホリデーですか。

トリニティ･ブラッドなんかそれに近いんじゃないんですか。

有名どころで言うとナウシカがそうですね。あの世界は実は戦争で一度滅んだ未来の地球だそうです。

あと、スターオーシャンシリーズ。SFとファンタジーを行ったり来たりな感じで、結局どっちが本当なのかよく分からない終わり方でした。

角川スニーカー文庫の「トリニティ・ブラッド」と「ラグナロク」の2作品です。

どちらもかつての文明が滅んだ後の世界、という設定になっています。ライトノベルなので、読みやすいと思います。

ですが、トリニティ・ブラッドは途中で作者が亡くなったため、未完成の作品です。ですが、物語はとても面白いので、おすすめです。

山田正紀の「宝石泥棒」は表面はファンタジーですが、最後にSFっぽい解説で種明かしがされます。

「グラマリエの魔法家族」

裏というより SF + ファンタジー な感じですが。

"聖戦記エルナサーガ" 堤抄子

ＳＦちっくなファンタジーです。

(続編の"エルナサーガ２"はそうではないのですが)

少女漫画ですが『イティハーサ』はまさしくそんな感じかと。

SFの殿堂、早川書房から文庫本がでてるくらいです。

イティハーサ (7) (ハヤカワ文庫 JA (651))

• 作者: 水樹 和佳子
• 出版社/メーカー: 早川書房
• メディア: 文庫

うたわれるもの

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%81%86%E3%81%9F%E3%82%8F%E3%82%8...

アイヌ風の登場人物・舞台設定で始まるが、最後はSF的展開となる。

バビル2世

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%90%E3%83%93%E3%83%AB2%E4%B8%...

超能力ウォーズだと思ったら、バビル2世や３つの僕の正体は…

暁星記

http://www.amazon.co.jp/%E6%9A%81%E6%98%9F%E8%A8%98-1-%E8%8F%85%...

文明崩壊後に、原始的生活を送る人類の末裔たちの物語。そして、それを見守る影。