これまでに知られている最も小さな酵素タンパク質（アミノ酸残基数が最小のもの）はなんですか？

http://www.org-chem.org/yuuki/mow/0506/chignolin.html

に載っています。

私が調べた範囲内では、4-Oxalocrotonate tautomerase だと思われます。

4-Oxalocrotonate tautomerase のアミノ酸残基数は62個です。

細菌の代謝経路の中で働く酵素で、トルエンなどの芳香族を異化してクエン酸回路で利用できるような中間生成物にするもののようです。

The 4-oxalocrotonate tautomerase family of enzymes: how nature makes new enzymes using a beta-alpha-beta structural motif. の抄録を読むと、4-OT family of enzymes の中にはアミノ酸残基数61個のものもあるようです。

これは 4-Oxalocrotonate tautomerase の同族体である YwhB の事だと思われますが、Kinetic and Stereochemical Analysis of YwhB, a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Homologue in Bacillus subtilis: Mechanistic Implications for the YwhB- and 4-Oxalocrotonate Tautomerase-catalyzed Reactions によれば、

YwhB, a 4-oxalocrotonate tautomerase (4-OT) homologue in Bacillus subtilis（引用者注：枯草菌）, has no known biological role

ですので、酵素活性があるとは言えないと考えます。

ご参考になれば幸いです。