UTF-8のHTML内の文字を一度に置換したいのですが

他のツールの紹介ではないのでこちらに…。
私も以前「Repl-Ace on .NET」を使って大量のhtmlファイルの文字の置換を行った時、
一部のファイルだけが置換処理が適用されなかったことがあります。
(文字コードは全ファイル同じで特殊文字も含まない状態でした)

その時は対象ファイルを選ぶ時に「文字セットを判定しながら検索」にチェックを入れてから
ファイルを検索し直したら正常に置換出来ました。

テキストエディタで開いた時にはUTF-8として認識されるファイルなのでしょうか？
「Repl-Ace on .NET」でフォルダを指定して対象ファイルを検索した時に、対象ファイルのリストで「変換前文字セット」と「変換後文字セット」の文字コードが正しく表示されているでしょうか？
もし違う文字コードのファイルとして判定されている場合は、対象のファイルにチェックを入れ、右上の「他の機能」→「選択されたファイル」→「＜変換前後＞文字セットを強制」(※「変換前文字セット」だけが違う文字コードで判定される場合は、「＜変換前＞文字セットを強制」)→「Unicode（UTF-8）」を実行して、ファイルの文字コード表示が修正された事を確認してから実行してみてください。

※元のファイルの正しい文字コードを指定した(※変換前と変換後の文字コードが同じ)場合は、実際には文字セットの変換は実行されていないようです。(文字コードを正しく認識させる事で、検索・置換文字列が正常に行われるようになります。)
※「文字セットを強制的に変換」にチェックを入れる必要はありません。(不具合かもしれませんが、チェックを入れなくても変換前と変換後の文字コード指定が違う場合は、文字コードの変換も実行されました。)

対象ファイルがすべて同じ文字コードの場合は、対象ファイルのリストの「他の機能」→「デフォルトの文字セット」→「Unicode（UTF-8）」にチェックを入れて置いてから、「文字セットを判定しながら検索」のチェックを外して検索を実行した方がいいかもしれません。

※ファイルの文字コードが正しく判定されていても検索・置換が実行されないという場合は、検索文字列とファイルの対象箇所の文字列が一致するか確認した方がいいと思います。